Mais tarde, Elizabeth I libertou-o da prisão e o encarregou de missões misteriosas no continente.

Os fedawi se encarregavam de missões suicidas: ao receber instrução especial de matar alguém, agiam à custa de qualquer sacrifício.

O novo pontífice torna-se seu protetor e, além de lhe conceder a púrpura cardinalícia, ainda o encarrega de missões especiais.

Tinha ciúmes dos enfermeiros, do guarda, que o médico, uma vez por outra, encarregava de missões misteriosas, de quantos trabalhavam com o seu ídolo.

A rainha Elizabeth admirava Dee, e não só o perdoou como o encarregou de missões que nem sequer seus colaboradores mais íntimos chegaram a conhecer.