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A maior vantagem das formulações lipídicas da anfotericina B são os efeitos colaterais significativamente reduzidos, especialmente a nefrotoxicidade.
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Os principais efeitos adversos da anfotericina B incluem nefrotoxicidade, como efeitos colaterais relacionados à infusão, como febre, calafrios, mialgias, hipotensão e broncoespasmo.