El cas del cultiu de soja transgènica resistent al glifosat a Argentina ens mostra conseqüències indirectes indesitjables.

Per tant, el cultiu de soja és una causa subjacent de la desforestació que s'atribueix més directament a la ramaderia.

A l'Argentina, el cultiu de soja que s'importa a la península per alimentar el bestiar porcí està provocant greus problemes de contaminació de sòls.

Finalment, el cultiu de soja i canya de sucre també són causes de desforestació per la infrastructura viària que requereix el transport de cultius.